Em 1953, surge o Ministério da Saúde, um órgão do Pode Executivo Federal, embora a história da saúde pública brasileira tenha começado em 1808 o ministério só surgiu 145 anos depois. O objetivo deste ministério é organizar e elaborar planos e políticas públicas voltadas à promoção, prevenção e assistência à saúde da população. Dar mais qualidade de vida a população brasileira é uma das funções do Ministério da Saúde, protegendo e recuperando a saúde da população, reduzindo e controlando o número de doenças no país.
As unidades ligadas ao Ministério da Saúde são: Anvisa (Agencia Nacional de Vigilância Sanitária), ANS (Agencia Nacional de Saúde Suplementar), Hemobrás (Empresa Brasileira de Hemoderivados e Biotecnologia), Funasa (Fundação Nacional de Saúde), Fiocruz (Fundação Oswaldo Cruz), Into (Instituto Nacional de Traumatologia e Ortopedia) e Inca (Instituto Nacional de Câncer).
O Ministério da Saúde veio de um desdobramento do Ministério da Educação e Saúde e Cultura. Este se desdobrou em dois: Ministério da Saúde e Ministério da Educação e Cultura. Ao ser criado o Ministério da Saúde passou a cuidar das atividades que o Departamento Nacional de Saúde cuidava.
Em 1956, nasce o Departamento Nacional de Endemias Rurais, que trabalhava no combate da malária, leishmaniose, das doenças de Chagas, da peste, brucelose, febre amarela, dentre outras. Já o Instituto Oswaldo Cruz trabalha na pesquisa, na investigação e na produção de vacinas.
Durante os anos de existência, o Ministério da Saúde passou por várias reformas estruturais. Em 1974, as Secretarias da Saúde e de Assistência Médica foram unificadas. O Sistema Único de Saúde só foi criado pelo Ministério da Saúde, no final da década de 80.